Abstrakt
W międzynarodowej literaturze od 2003 r. pojawiały się liczne publikacje dotyczące identyfikacji wirusa SARS-CoV. Metaanaliza badań wykazała efektywność stosowania reakcji czasu rzeczywistego polimerazy łańcuchowej z odwrotną transkrypcją do wykrywania koronawirusów. Autorzy opisują ryzyko ekspozycji laboratoryjnej związane z wirusem SARS-CoV-2. Nowy wirus stanowi istotne zagrożenie dla personelu medycznego i diagnostów laboratoryjnych. W ciągu prac diagnostycznych zidentyfikowano następujących kilka obszarów ryzyka biologicznego. W pracy pokazano drogę do ustanowienia standardu identyfikacji SARS-CoV-2 wśród innych koronawirusów oraz aktualny sposób realizacji testów molekularnych. Testy serologiczne są uzupełnieniem RT-PCR w określonych przypadkach. Zaproponowano algorytm diagnostyczny z użyciem kombinacji stosowania tych testów, zwiększający szansę wykrycia zakażeń koronawirusem SARS-CoV-2 u chorych objawowych jak i bezobjawowych, objętych nadzorem epidemiologicznym, kwarantanną i izolacją. Testy serologiczne mogą być również przydatne na potrzeby prowadzenia dochodzeń epidemiologicznych oraz do badań retrospektywnych pandemii COVID-19.
Bibliografia
World Health Organization. Novel Coronavirus (2019-nCoV). Situation report – htpp://www.who.int/docs/default-source/coronaviruses/situation-reports/20200121-strip-1‑2019-ncov.pdf.
Zhou P, Yang XL, Wang XG, et al. Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin. BioRxiv; 2020 Jan 1.
DOI: 10.1101/2020.01.22.914952.
Gorbalenya AE, Baker SC, Baric RS, et al. The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2. Nat Microbiol 2020; (5):536‑544. DOI:10.1038/s41564‑020‑0695-z.
Lin C, Ye R, Xia YL. A meta-analysis to evaluate the effectiveness of real-time PCR for diagnosing novel coronavirus infections. Genet Mol Res 2015;14:15634‑41.DOI:10.4238/2015.December.1.15.
Ustawa z dnia 14 grudnia 2012 r. o odpadach (Dz. U. 2013 poz. 21 z póź. zm.); Rozporządzenie Ministra Zdrowia z dnia 5 października 2017 r. w sprawie szczegółowego sposobu postępowania z odpadami medycznymi (Dz. U. 2017 poz. 1975).
World Health Organization, Laboratory biorisk management for laboratories handling human specimens suspected or confirmed to contain novel coronavirus: Interim recommendations, https://www.who.int/csr/disease/coronavirus_infections/Biosafety, reviewed 5th April 2020.
WHO Biosafety Guidelines for handling of SARS Specimens. World Health Organization. Laboratory testing for 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) in suspected human cases: interim guidance, 2nd March 2020. www.who.int.
Chang L, Yan Y, Wang L. Coronavirus disease 2019: coronaviruses and blood safety. Transfus Med Rev 2020.
DOI:10.1016/j.tmrv.2020.02.003.
Ustawa z dnia 27 lipca 2001 r. o diagnostyce laboratoryjnej. Rozporządzenie Ministra Zdrowia z dnia 3 marca 2004 r. w sprawie wymagań, jakim powinno odpowiadać medyczne laboratorium diagnostyczne (Dz. U. 2019 poz. 849; 2004).
World Health Organization. Guidance on regulations for the transport of infectious substances 2019‑2020: applicable from 1 January 2019. World Health Organization; 2019.
Corman VM, Landt O, Kaiser M, et al. Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR. Euro Surveill 2020; 25 (3). DOI:10.2807/1560‑7917.
Chu DK, Pan Y, Cheng S, et al. Molecular diagnosis of a novel coronavirus (2019-nCoV) causing an outbreak of pneumonia. Clin Chem 2020. DOI:10.1093/clinchem/hvaa029.
Zhu N, Zhang D, Wang W, et al. A novel coronavirus from patients with pneumonia in China, 2019. N Engl J Med 2020. DOI: 10.1056/NEJMoa2001017.
Chan PK, To WK, Ng KC, et al. Laboratory diagnosis of SARS. Emerg Infect Dis 2004;10 (5):825. DOI:10.3201/eid1005.030682.
Emery SL, Erdman DD, Bowen MD, et al. Real-time reverse transcription-polymerase chain reaction assay for SARS-associated coronavirus. Emerg Infect Dis 2004; 10 (2):311.
DOI:10.3201/eid1002.030759.
Ksiazek TG, Erdman D, Goldsmith CS, et al. A novel coronavirus associated with severe acute respiratory syndrome. N Engl J Med 2003; 15 (20):1953‑66.DOI:10.1056/NEJMoa030781.
Nitsche A, Schweiger B, Ellerbrok H, et al. SARS coronavirus detection. Emerg Infect Dis 2004; 10 (7):1300. DOI:10.3201/eid1007.030678.
Zhai J, Briese T, Dai E, et al. Real-time polymerase chain reaction for detecting SARS coronavirus, Beijing, 2003. Emerg Infect Dis 2004; 10 (2):311. DOI:10.3201/eid1002.030799.
Poon LL, Chan KH, Wong OK, et al. Detection of SARS coronavirus in patients with severe acute respiratory syndrome by conventional and real-time quantitative reverse transcription-PCR assays. Clin Chem 2004; 50 (1):67‑72. DOI:10.1373/clinchem.2003.023663.
Corman V, Müller M, Costabel U, et al. Assays for laboratory confirmation of novel human coronavirus (hCoV-EMC) infections. Euro Surveill 2012; 17 (49):27.
Lu X, Whitaker B, Sakthivel SK, et al. Real-time reverse transcription-PCR assay panel for Middle East respiratory syndrome coronavirus. J Clin Microbiol 2014; 52 (1):67‑75. DOI:10.1128/JCM.02533‑13.
Huang P, Wang H, Cao Z, et al. A rapid and specific assay for the detection of MERS-CoV. Front Microbiol 2018; 29 (9):1101. DOI: 10.3389/fmicb.2018.01101.
Hashemzadeh MS, Rasouli R, Zahraei B, et al. Development of dual taqman based one-step rRT-PCR assay panel for rapid and accurate diagnostic test of MERS-CoV: a novel human coronavirus, ahead of hajj pilgrimage. Iran Red Crescent Med J 2016; 18 (11). DOI:10.5812/ircmj.23874.
Center of Disease Control and Prevention. CDC. https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/rt-pcr-panel-primer-probes.html. USA 2020.
Center of Disease Control and Prevention. CDC. https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/rt-pcr-detection-instructions.html. CDC 2020.
Specific primers and probes for detection 2019 novel coronavirus. National Institute for Viral Disease Control and Prevention. China 2020. http://ivdc.chinacdc.cn/kyjz/202001/t20200121_211337.html).
Diagnostic detection of 2019-nCoV by real-time RT-PCR, protocol 2020. https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/protocol-v2‑1.pdf?sfvrsn=a9ef618c_2.
Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) in suspected human cases by RT-PCR, protocol, HKU MED, LKS Faculty of Medicine. School of Public Health. 2020. https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/peiris-protocol-16‑1-20.pdf?sfvrsn=af1aac73_4.
PCR and sequencing protocol for 2019-nCoV – Department of Medical Sciences, Ministry of Public Health. Thailand 2020. https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/conventional-rt-pcr-followed-by-sequencing-for-detection-of-ncov-rirl-nat-inst-health-t.pdf?sfvrsn=42271c6d_4.
PCR and sequencing protocols for 2019-nCoV – National Institute of Infectious Diseases, Protocol. Japan 2020.
https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/method-niid-20200123‑2.pdf?sfvrsn=fbf75320_7.
US CDC Real-Time RT-PCR Panel for Detection 2019-Novel Coronavirus, Center of Disease Control and Prevention; Protocol. USA 2020. https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/uscdcrt-pcr-panel-for-detection-instructions.pdf?sfvrsn=3aa07934_2.
US CDC Real-Time RT-PCR Panel for Detection 2019-Novel Coronavirus, 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV) Real-time rRT-PCR Panel Primers and Probes. Center of Disease Control and Prevention, Protocol. USA 2020. https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/uscdcrt-pcr-panel-primer-probes.pdf?sfvrsn=fa29cb4b_2.
Real-time RT-PCR assays for the detection of SARS-CoV-2, Institute of Pasteur, Paris, Protocol. France 2020. https://www.who.int/docs/default-source/ coronaviruse/ real-time-rt- pcr-assays-for -the-detection-of-sars-cov-2-institut-pasteur-paris.pdf?sfvrsn=3662fcb6_2.
Algorytm postępowania diagnostycznego w przypadku osób zakażonych/podejrzanych o zakażenie 2019-nCoV od dnia 05.03.2020. Państwowy Zakład Higieny – Narodowy Instytut Zdrowia Publicznego. Polska 2020.
Yam WC, Chan KH, Poon LL, et al. Evaluation of reverse transcription-PCR assays for rapid diagnosis of severe acute respiratory syndrome associated with a novel coronavirus. J Clin Microbiol 2003; 41 (10):4521‑4524. DOI:10.1128/JCM.41.10.4521‑4524.2003.
Cai X, Chen J, Hu J, et al. A Peptide-based Magnetic Chemiluminescence Enzyme Immunoassay for Serological Diagnosis of Corona Virus Disease 2019 (COVID-19). medRxiv. 1 Jan 2020. DOI:10.1101/2020.02.22.20026617.
Woo PC, Lau SK, Wong BH, et al. Differential sensitivities of severe acute respiratory syndrome (SARS) coronavirus spike polypeptide enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) and SARS coronavirus nucleocapsid protein ELISA for serodiagnosis of SARS coronavirus pneumonia. J Clin Microbiol. 2005; 43 (7):3054‑3058. DOI:10.1128/JCM.43.7.3054‑3058.2005.
Liu L, Liu W, Wang S, et al. A preliminary study on serological assay for severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) in 238 admitted hospital patients. medRxiv 2020. DOI:10.1101/2020.03.06.20031856.
Zhao J, Yuan Q, Wang H, et al. Antibody responses to SARS-CoV-2 in patients of novel coronavirus disease 2019. The Lancet, preprint, manuscript number THELANCET -D- 20‑02366.
Jia X, Zhang P, Tian Y, et al. Clinical significance of IgM and IgG test for diagnosis of highly suspected COVID-19 infection. medRxiv 2020. DOI:10.1101/2020.02.28.20029025.
Zhang J, Liu J, Li N, et al. Serological detection of 2019-nCoV respond to the epidemic: A useful complement to nucleic acid testing. medRxiv 2020. DOI:10.1101/2020.03.04.20030916.
Xiang J, Yan M, Li H, et al. Evaluation of Enzyme-Linked Immunoassay and Colloidal Gold-Immunochromatographic Assay Kit for Detection of Novel Coronavirus (SARS-Cov-2) Causing an Outbreak of Pneumonia (COVID-19). medRxiv 2020. DOI: 10.1101/2020.02.27.20028787.
Utwór dostępny jest na licencji Creative Commons Uznanie autorstwa 4.0 Międzynarodowe.